Projekt: Stanisław Niemczyk, współpraca: Anna i Robert Wojteccy; konstrukcja: Marta i Leszek Weszke, 2000 r. Budowę kościoła i klasztoru rozpoczęto w 2000 r.
Pierwszym obiektem wzniesionym na miejscu przyszłej świątyni była kaplica Porcjunkula. Powstała na wydzielonym fundamencie. Była symbolem początku – od małej kaplicy Porcjunkuli pod Asyżem rozpoczęła się 800 lat wcześniej historia franciszkanów. Kaplica była zatem jakby kamieniem węgielnym całego kościoła. Teren pod budowę kościoła był niewielki, a program inwestycji bogaty: miał tu stanąć kościół i klasztor. Architekt przyjął koncepcję wertykalnej kompozycji – dwupoziomowy kościół, wysokie wieże, wielopiętrowy budynek klasztoru.
W programie ideowym świątyni uwzględnił takie elementy symboliczne, ważne dla duchowości franciszkańskiej, jak kaplica Porcjunkula, grób św. Franciszka, umieszczony w dolnym kościele, krzyż z San Damiano, zarysowany na stropie dolnego kościoła. Pięć wież nawiązuje do pięciu ran Ukrzyżowanego. Chrzcielnica zaprojektowana została na poziomie górnego kościoła, dokładnie nad miejscem symbolicznego grobu św. Franciszka. Pomiędzy kościołem a murami klasztoru powstała uliczka, przypominająca nastrojem ciasne uliczki średniowiecznego Asyżu.
Podstawowym budulcem jest jasny kamień (dolomit z kamieniołomu w Libiążu) oraz beton, w części barwiony na kolory: czerwony, grafitowo-czarny i brązowy (jak umbra – kolor ziemi Umbrii, w której leży Asyż). Wyzwaniem dla konstruktorów była wizja więźby dachowej, jaką zaproponował architekt – drewniana więźba przykrywa dużą kubaturę kościoła górnego. Ciężar więźby dachowej przejął ganek obejścia modlitewnego, łączący pięć wież. Skomplikowaną strukturę więźby osłania od wnętrza strop wykonany z gładkich desek; w jego najwyższym punkcie pozostawiono trójkątny otwór – nawiązanie do symbolu Oka Opatrzności. Autor projektu Stanisław Niemczyk zmarł w 2019 r. nie doczekawszy ukończenia budowy świątyni.